Manastir Duži, sa crkvom posvećenoj Pokrovu Presvete Bogorodice, nalazi se u šumi trebinjskoj s lijeve strane rijeke Trebišnjice; udaljen je od nje oko 4 km, a od Trebinja oko 12 km, na putu prema Dubrovniku. Iako je u ravni, vidik sa platoa na kojem leže manastirske zgrade, pruža se nesmetano na sve četiri strane i obuhvata okolne masive i vrhove. Ovo je jedan od mlađih manastira na ovim prostorima. Njegovo ime se pominje tek krajem XVII vijeka.

Manastir Duži je bio nasljednik Tvrdoški, i Mitropolitska rezidencija, postojao je običaj, a za to je bilo i osnova da se iz redova njegovih kaluđera biraju Hercegovački Mitropoliti, kao što je bio slučaj sa Aksentijem i već gore spomenutim Stevanom (Radivojevićem) Milutinovićem. Prva dva Hercegovačka Mitropolita, koji su zamjenili fanariote, Leontije Radulović (1888-89) i Serafima Perovića (1889-1903), zatim Gerasim Jovanović, bili su postrižnici Manastira Duži.

Jeromonasi Manastira Duži vršili su često dužnosti paroha u Dubrovniku,Mostaru, Sarajevu i Trstu. Sa Dubrovnikom su postojale naročito dobre veze, pošto tu ranije nije bilo pravoslavne crkve. Mnogi pravoslavni Dubrovčani sahranjivani su u Duškom Manastirskom groblju, jer je uprava Dubrovačke republike dugo bila vjerski stroga. U Manastiru Savini (kod Herceg Novog) do prvih decenija 19. Veka bilo je još uvek Duških kaluđera. Danilo Rajović, pod čijom je upravom sazidana nova Savinska crkva 1777.g., bio je Duški postrižnik.

Stradanja Manastira Duži tokom 19. vijeka učinili su da su mnoge vrijedne stvari i iz ranijih vremena uništene ili raznjete bez traga. U kritičnim trenucima neke od Manastirskih vrijednosti odnešene su u Manastir Savinu u Herceg Novi. Od starijih stvari iz Manastira Duži Vl. Ćorović je u Savini našao dva Jevanđelja, od kojih je jedan bilo okovano srebrom, i jedan Pomenik, i Petohljebnicu iz 1650. godine.

Većinu stvari u 18. vijeku Manastir je dobio od svojih priložnika. Tako je grof Sava Vladisavljević 1737.g. priložio nekoliko knjiga. Dalje se pominju Mojsije Lukić, prota Vukovarski, jeromanah hadži-Vasilije, Dimitrije Rajović, Stanko Mijanović, Simeon Kurtović, jeromonah Manastirski, bio je brat čuvenog trgovca Kurtovića iz Trsta. Od njega je dobijao novčanu pomoć za Manastir, zasadio je vinograd i načinio mlin na Trebišnjici kod sela Bioča. Izgleda da su njegov dar i već pomenuti svijećnjaci, izrađeni u Veneciji 1777. g., koji i danas stoje u Manastirskoj crkvi, kao i dvije čatrnje (jedne od najstarijih u Hercegovini) koje se nalaze iza oltara Crkve.

No Manastir nije bio koncentrisan isključivo duhovni, već nacionalni i oslobodilački epicentar Srpske Hercegovine. U zimu uoči Sv. Nikole 1857.g. u Manastiru Duži započeo je ustanak Srba pod vođstvom Luke Vukalovića. U mjesecu februaru 1858.g. Turci su zauzeli i opljačkali Manastir. Kaluđeri su se sklonili u Dubrovnik. Po okončanju ustanka ruski konzul u Dubrovniku i veliki prijatelj Srpskog naroda. Al. Giljferding, uspeo je da izdejstvuje novčanu pomoć od ruske carice za obnovu Duškog Manastira. Godine 1861. u Hercegovini je ponovo izbio ustanak, pod vođstvom arhimandrita Nićifora Dučića. Duški kaluđeri su se priključili ustanicima, i to je bio razlog da Manastir ponovo padne u turske ruke. Na intervenciju ruskog, francuskog i austrijskog konzula, Manastir(postradao od Turaka) je opravljen. U trećem ustanku, koji je izbio 1875.g.Manastir je po treći put bio u rukama Turaka. Mnoge vrijednosti Manastirske bile su uništene, a manji broj je prenijet u Manastir Savinu kod Herceg Novog.

Između dva rata bratstvo Manastira čine ruski monasi-emigranti iz carske Rusije.

Godine 1935. oni su oslikali zidove crkve novijim ruskim stilom (nažalost, zbog nemarnosti Zavoda za zaštitu spomenika, ništa od toga nije ostalo), i izmjenili izgled vrata i prozora, učinivši ih većim. Trojica ruskih monaha: Evgenije, Mihajlo i Lukijan ubijeni su 1941. godine od strane komunista-partizana.

Poslije drugog svjetskog rata u Manastiru je sve zapustjelo.. Maja 1959. godine na službu u Manastir dolazi nedavno preminula igumanija mati Teodora. kada je ona došla u Duži, u crkvi praktično nije bilo ničega. Mnoge ikone spaljene su ukrečani, jednom riječju, sve zapušteno i oskrnavljeno.Od toda, doupokojenja 2015.godine neumormo jelradila  sa sestrama radi na  obnovi Manastira.

Godine 1998. u proljeće, brat Milan Pešut iz Ljubinja (i Beograda), javio se kao ktitor-obnovitelj Duži i preduzeo je obnovu Manastira. Poslije izvršenog proučavanja i opisa Manastira od strane prof. Nikole Crnobrnje. 1998. g. je mladi talentovani živopisac Gavrilo Marković iz Beograda započeo freskopisanje hrama.

Manastir ima ekonomiju koja se zasniva na proizvodnji domaćih poroizvoda(med, mliječni proizvodi, vino, rakija, itd.)Posebno, na posjetioce dubok utisak ostavlja manastirski Bogougodni mir, brižljivo održavanje objekata i okolno uređenje. U natpisu, iznad crkvenih vrata, ističe se da je hram sagrađen pomoću“mnogih dobrih hrišćana, osobito Nevesinjaca”. Tom prilikom izgrađen je i jedan niz ćelija.Mir, miris koji dolazi samora i blagi lahor koji stalno ćarlija su ovo mjesto učinili vrlo ugodnim pa veliko broj posjetilaca dolazi da ga obiđe .danas, Šuma Trebinjska bila je na glasu po najtraženijem (možda i najboljem) duvanu, redovno otpreman širom evrope pa i na mnogr dvorove.